Il est important d'utiliser des noms scientifiques corrects. Personne ne le démentira. Cependant, nous avons mis un certain temps à réaliser que ce point était capital et que des informations associées à la mauvaise espèce sont en fait de fausses informations et ne devraient pas être publiées. Pietsch et Grobecker (1987) en ont donné un exemple classique : Bloch (1785) a publié une description de Lophius histrio (combinaison originale de Histrio histrio (Linnaeus 1758)) illustrée d'un dessin composé de la tête et du corps de Histrio histrio mais avec l'organe pêcheur (illicium et esca) de Antennarius striatus. La confusion causée par cette erreur a duré presque 200 ans avec 21 publications taxinomiques subséquentes utilisant sa description et sa figure erronées.
Cette constatation faite, nous avons utilisé plusieurs approches pour détecter les erreurs éventuelles dans nos noms scientifiques. Premièrement, nous avons fait une double-vérification de nos noms, auteurs et répartition géographique dans la littérature disponible en utilisant plusieurs sources quand cela était possible. À ce jour, ce travail coûteux en temps a été accompli pour la moitié des espèces, soit environ 10 000.
Deuxièmement, nous avons assigné les combinaisons originales à tous nos noms valides et nous avons vérifié celles-ci dans la base de données Catalog of Fishes d'Eschmeyer (1998). Dans FishBase 99, tous les noms valides et la plupart des synonymes récents ont ainsi été vérifiés, et la procédure de saisie comporte maintenant cette étape obligatoire.
Troisièmement, nous continuons à comparer nos noms avec ceux d'autres bases de données disponibles telles que SPECIESDAB de la FAO (Coppola et al. 1994), NAN-SIS (Strømme 1992), TAIWAN (Shao et al. 1992) et HAWAII (Mundy, en prép.). Dans ce but, nous avons développé une procédure qui vérifie les listes de noms scientifiques de poissons, qui identifie les synonymes et les erreurs d'orthographe, et qui suggère le(s) nom(s) ou l'(es) orthographe(s) la(es) plus vraisemblables (voir ‹ La vérification des noms ›, ce volume).
Ce travail permanent devrait assurer une haute fiabilité à nos noms scientifiques. Cependant, si vous trouviez des erreurs, veuillez nous les communiquer.
Références
Bloch, M.E. 1785. Naturgeschichte der ausländischen Fische. Berlin, Vol. 1. 136 p.
Coppola, S.R., W. Fischer, L. Garibaldi, N. Scialabba et K.E. Carpenter. 1994. SPECIESDAB Global species database for fishery purposes. User's manual. FAO Computerized Information Series (Fisheries) No. 9, 13 p. FAO, Rome.
Eschmeyer, W.N., Éditeur. 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 tomes. 2905 p.
Mundy, C.B. A checklist of the fishes of the Hawaiian Ridge, within the 200 nm exclusive zone, compiled from published literature. (en prép.).
Pietsch, T.W. et D.B. Grobecker. 1987. Frogfishes of the world. Systematics, zoogeography, and behavioral ecology. Stanford University Press, Stanford. 420 p.
Shao, K.-T., S.-C. Shen, T.-S. Chiu et C.-S. Tzeng. 1992. Distribution and database of fishes in Taiwan, p. 173-206. In C.Y. Peng (éd.) Collections of research studies on ‘Survey of Taiwan biological resources and information management’. Institute of Botany, Academia Sinica. Vol. 2. [en Chinois].
Strømme, T. 1992. NAN-SIS : Software for fishery survey data logging and analysis. User's manual. FAO Computerized Information Series (Fisheries) No. 4. FAO, Rome. 103 p.
Rainer Froese
La table FAMILIES contient les noms scientifiques et les noms communs pour toutes les familles de poissons récentes avec une courte description et le nombre estimé de genres et d'espèces ; FishBase 99 contient toutes les espèces actuellement reconnues pour 370 familles environ (sur 513).
Quand l'information est disponible, la première apparition de la famille dans la faune fossile est indiquée. Les espèces d'une famille sont réparties selon le type des eaux qu'elles fréquentent, marines (Marine), saumâtres (Brackish), et eaux douces (Freshwater). Un champ indique si les espèces de la famille sont utilisées dans le commerce aquariophile (Aquarium) selon l'échelle suivante : aucune ; quelques-unes ; nombreuses. Un dessin représente la conformation (voir note 1, p. 41) générale d'une espèce typique de la famille (cliquer sur le bouton Fish).
Sources
Les noms scientifiques, les noms communs et la classification des taxons supérieurs suit Eschmeyer (1998), qui nous a gracieusement fourni une copie de ses bases de données du Catalog of Fishes (voir ci-dessous) pour les intégrer dans FishBase. Les informations sur la description, la répartition et les caractères diagnostiques principaux sont extraits des révisions récentes de la famille ou de Nelson (1984, 1994). L'inventaire des fossiles est extrait de Berg (1958) et d'autres sources. Les illustrations ont été numérisées dans les guides d'identification de la FAO, dans les guides de terrain, dans Fishes of the World de Nelson (Nelson 1984) et dans d'autres sources.
Statut
Seulement 120 familles environ ont été vérifiées jusqu'à présent et les révisions récentes n'ont pas été toutes analysées. Tous les noms de famille, ceux des taxons supérieurs et la classification des genres dans une famille ont été vérifiés automatiquement dans les bases de données du Catalog d'Eschmeyer (ce volume) et devraient être corrects.
Il est prévu que les informations sur les familles soient vérifiées à partir des révisions récentes et de l'édition 1994 de Fishes of the world (Nelson 1994), une tâche pour laquelle nous aurons l'aide de Joseph S. Nelson. Nous projetons aussi d'inclure la répartition latitudinale d'une famille, utile dans les études comparatives. Dès maintenant, des cartes de répartition visualisent les pays où la famille est présente, ainsi que les points de capture (voir ‹ Le logiciel WinMap ›, ce volume).
Après avoir sélectionné une famille, des procédures supplémentaires vous permettent de créer :
Comment y arriver
Cliquer sur le bouton Species dans la fenêtre MAIN MENU, puis sur le bouton Families dans la fenêtre SEARCH BY, et après avoir sélectionné la famille de votre choix, sur le bouton Family info dans la fenêtre SEARCH BY FAMILY. Si vous avez déjà sélectionné une espèce, cliquer sur le bouton Family dans la vue SPECIES.
Références
Berg, L.S. 1958. System der rezenten und fossilen Fischartigen und Fische. VEB Verlag der Wissenschaften, Berlin. 310 p.
Eschmeyer, W.N., Éditeur 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 tomes. 2905 p.
Nelson, J.S. 1984. Fishes of the world. 2ème édition. John Wiley and Sons, New York. 523 p.
Nelson, J.S. 1994. Fishes of the world. 3ème édition. John Wiley and Sons, New York. 600 p.
Rainer Froese
Un système nomenclatural clair est essentiel pour bien traiter les quelque 25 000 espèces de poissons existantes. W.N. Eschmeyer de l'Académie des sciences de Californie (CAS) a entrepris la tâche de vérifier plus de 50 000 descriptions originales de poissons publiées depuis la 10ème édition du Systema Naturae (Linnaeus 1758). Une première étape s'est conclue par la publication du Catalog of the Genera of recent Fishes (Eschmeyer 1990) qui recense plus de 10 000 noms génériques et qui est maintenant reconnu comme un standard mondial.
En 1998, il a publié le Catalog of Fishes (Eschmeyer 1998) qui comprend une version mise à jour du catalogue des genres et recense 53 700 espèces nominales de poissons. Les bases de données utilisées pour la compilation de ce travail sont distribuées sur CD-ROM avec la version imprimée. W.N. Eschmeyer a gracieusement autorisé l'intégration de ses tables SPECIES, GENERA, REFERENCE et MUSEUM dans FishBase. La version complète du Catalog of Fishes avec CD-ROM peut être obtenue auprès de l'Académie des sciences de Californie, San Francisco, Etats-Unis (http://www.calacademy.org).
Les chapitres ci-dessous sont repris de l'introduction du Catalog of Fishes avec l'autorisation de l'auteur. L'arrangement des informations dans les vues de FishBase diffère légèrement de celui du Catalog.
Références
Eschmeyer, W.N. 1990. Catalog of the genera of recent fishes. California Academy of Sciences, San Francisco. 697 p.
Eschmeyer, W.N., Éditeur. 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 tomes. 2905 p.
Linnaeus, C. 1758. Systema Naturae per Regna Tria Naturae secundum Classes, Ordinus, Genera, Species cum Characteribus, Differentiis Synonymis, Locis. 10ème éd., Vol. 1. Holmiae Salvii. 824 p.
La première façon d'organiser et de stocker les informations de base sur les animaux et les plantes consiste à les associer à des taxons (typiquement les espèces) [les ranger par sujet tel que la vision ou l'alimentation constitue une autre façon]. Il est important de bien comprendre (1) pourquoi de bonnes bases de données taxinomiques sont essentielles pour étudier la biodiversité, (2) ce que la taxinomie implique, (3) pourquoi une classification hiérarchique est utile, et (4) pourquoi les classifications et les noms changent, ce qui rend plus difficile la thésaurisation et la mise à jour des informations à des fins d'inventaire, d'exploitation, de commerce, de conservation, etc.
Les taxinomistes ont deux tâches importantes : nommer les organismes et produire des classifications. Le système de classification hiérarchique et de nom d'espèce binominal (à deux mots) a été établi par Linnaeus en 1758. Ce système a été codifié en 1842 (Strickland et al. 1843), et il est devenu le système utilisé par tous les zoologistes du monde depuis 1843, avec des changements et des améliorations successifs. (Le ‹ Code › actuel suivi par tous les zoologistes est discuté dans l'Appendice A du Catalog). Le binom d'une espèce consiste en un nom générique et un nom spécifique. Un genre peut contenir plus d'une espèce, et les espèces sont classées dans un genre selon l'affinité génétique perçue (principalement à partir des différences et des ressemblances morphologiques, bien que les techniques biochimiques fournissent aujourd'hui de nouvelles informations supplémentaires). Des sous-espèces sont parfois utilisées pour définir des taxons de catégorie inférieure à l'espèce. Dans une première étape, les taxinomistes découvrent ou décrivent l'espèce (1) en rassemblant des spécimens récoltés sur le terrain et/ou empruntés à des muséums conservant des collections, (2) en étudiant la variabilité des caractères, (3) en groupant les spécimens dans des taxons de la catégorie espèce, (4) en comparant ces espèces avec celles déjà décrites, (5) en nommant les nouvelles espèces selon des règles spécifiques (Code International de Nomenclature Zoologique ; ITZN 1985), et (6) en publiant cette description associée à ce nom dans des revues scientifiques et dans des livres. Les monographies contiennent des traitements approfondis de toutes les espèces dans un groupe plus large, tel qu'un genre ou une famille. Elles représentent le résumé le plus récent des informations pour ce groupe.
Dans une deuxième étape, les taxinomistes produisent des classifications. Elles sont utiles car elles contiennent des informations sur les relations entre taxons. Par exemple, quand une substance chimique intéressante d'un point de vue pharmaceutique est découverte chez une espèce, les biochimistes peuvent rapidement déterminer les espèces génétiquement proches à partir des classifications (par exemple ‹ l'espèce-sœur › ou une autre espèce du même genre) qui pourrait contenir des substances chimiques semblables voire meilleures. Toutes les espèces du même genre devraient partager de nombreuses propriétés comportementales, biochimiques, écologiques, et biologiques parce qu'elles sont étroitement apparentées d'un point de vue évolutif. L'effet d'une pollution sur une espèce dans une région devrait être semblable sur une espèce proche dans une autre région. Les espèces d'une même famille (catégorie fondamentale immédiatement supérieure) partagent de la même façon de nombreuses caractéristiques, mais moins. Les classifications ont alors une valeur prédictive. Depuis les années 1960, la plupart des taxinomistes ont utilisé la méthode cladistique pour établir les classifications qui se fondent sur la notion de caractères dérivés partagés (ou synapomorphies). Cette approche produit des cladogrammes qui reflètent les relations de parenté entre des taxons prédéfinis, objets de l'étude.
À cause de la nature changeante de ces classifications et de ces noms scientifiques (consécutifs à l'évolution des idées sur les relations entre taxons et aux changements nomenclaturaux en application des règles du code), il est presque impossible de savoir sous quel nom d'espèce, genre, ou famille se trouvent les informations pertinentes dans la littérature ou dans les collections. Par exemple, le nom de genre et le nom spécifique de la truite arc-en-ciel ont été changés en 1989 (voir Smith et Stearley 1989). Des milliers de publications citent Salmo gairdneri, alors que son nom est maintenant Oncorhynchus mykiss. Oncorhynchus avait remplacé le nom de genre Salmo sur la base de preuves fossiles montrant que les truites du Pacifique étaient plus apparentée au saumon Pacifique qu'au saumon Atlantique (Salmo salar, le porte-nom ou type de Salmo). Les truites et saumons du Pacifique sont maintenant classés ensemble dans le genre Oncorhynchus. Le nom spécifique gairdneri a été remplacé par mykiss quand il a été montré que l'espèce mykiss du Kamchatka, Russie, était la même que gairdneri ; comme mykiss avait été décrite en premier, ce nom avait la priorité d'usage sur gairdneri.
Une autre activité majeure des taxinomistes est d'établir des ‹ synonymies › pour résumer la connaissance accumulée antérieurement sur une espèce sous des noms scientifiques différents. Malheureusement, ces derniers changent pour des raisons diverses qui rendent particulièrement difficile cet inventaire :
Un autre problème est que ces noms scientifiques sont fréquemment mal orthographiés dans les publications scientifiques, dans les registres de collection des muséums, ou par les services de documentation. Souvent un nom est mal orthographié parce que l'orthographe originale n'a pas été vérifiée par les auteurs subséquents. Bien qu'il y ait des discussions actuelles sur la manière d'intégrer les fossiles dans les classifications, et surtout sur la manière de les traiter au niveau des catégories supérieures, le système présent sera probablement utilisé pendant de nombreuses années. Le décompte des taxons n'a pas fonctionné non plus. Souvent, les noms communs sont plus stables que les noms scientifiques, et ils peuvent être utiles dans quelques groupes.
Références
ITZN 1985. International Code of Zoological Nomenclature. The International Trust for Zoological Nomenclature, London.
Smith, G.R. et R.F. Stearly. 1989. The classification and scientific names of rainbow trout and cutthroat trouts. Fisheries 14(1) : 4-10.
Strickland, H.E. et al. 1843. Report of a committee appointed “to consider the rules by which the Nomenclature of Zoology may be established on a uniform and permanent basis. Brit. Assoc. Adv. Sci. Rept. 12th Meeting, 1842 : 105-121.
Le Catalog of the Genera of recent Fishes a été publié à l'automne 1990 (Eschmeyer 1990). La base de données pour les espèces de poissons a été réalisée grâce à des financements renouvelés de la NSF (U.S. National Science Foundation). La base de données des genres a été mise à jour et corrigée simultanément. Le catalogue est produit à partir de ces bases de données. Des versions partielles de ces bases de données sont disponibles via Internet sur le site Web [http://www.calacademy.org/ research/ichthyology].
Les bases de données contiennent plus de 10 375 noms de genres et sous-genres et 53 700 noms d'espèces et sous-espèces. Environ 50 000 noms d'espèces et de sous-espèces sont disponibles. Nous estimons à 25 000 le nombre d'espèces valides de poissons. 23 250 espèces valides sont recensées dans le présent catalogue en supposant que toutes les espèces décrites depuis 1990 sont valides, et auxquelles il faut ajouter de nombreuses espèces décrites entre 1950 et 1980 pour lesquelles manque une référence précisant le statut. De nouvelles espèces actuelles de poissons continuent d'être décrites à un rythme de 200 par an environ, et le nombre d'espèces valides pourrait atteindre 30 ou 35 000, du fait que certaines régions géographiques restent encore faiblement échantillonnées et que de nouveaux matériels de prélèvement soient développés comme les engins submersibles.
William N. Eschmeyer
Cette partie traite des noms du groupe-espèce (espèce, sous-espèce, et noms de variétés signifiants, rapportés collectivement à ‹ l'espèce ›) rangés par ordre alphabétique. Pour chaque nom et dans cet ordre, les informations suivantes sont indiquées :
ORIGINAL GENUS (GENRE ORIGINAL). Le genre utilisé par l'auteur original du nouveau nom du groupe-espèce en premier. Si un sous-genre est aussi concerné, son nom entre parenthèses suit celui du genre.
NAME (NOM). Le nom original du groupe-espèce. L'orthographe originale est indiquée sauf si des changements obligatoires sont requis par le Code, tels que de commencer le nom d'une espèce par une minuscule au lieu d'une capitale, enlever les traits d'union, et orthographier correctement le nom quand des marques diacritiques sont enlevées.
SUBSPECIES AND VARIETIES (SOUS-ESPÈCES ET VARIÉTÉS). Quand le nom du groupe-espèce a été proposé comme une sous-espèce, alors le nom de l'espèce suit le genre original. Quand le nom est proposé comme une variété ou une forme, le genre original est suivi de ‹ var. › ou ‹ forma › ou tout autre attribut. Une espèce décrite initialement comme une variété au sein d'un sous-genre apparaîtrait comme suit : ‹ alba, Scorpaena (Sebastapistes) var ›.
AUTHOR (AUTEUR). L'auteur du nouveau nom, puis des mentions telles que ‹ in ›, comme dans Cuvier in Cuvier & Valenciennes, ou ‹ ex › signifiant ‹ d'après › comme dans Lacepède (ex Commerson). L'usage de ces expressions et la notion d'auteur sont discutés en général dans l'Appendice A du Catalog.
DATE. L'année de publication (voir aussi la discussion sur les dates de publication dans l'Appendice A du Catalog).
REFERENCE AND REFERENCE NUMBER (RÉFÉRENCE ET CODE DE RÉFÉRENCE). Entre crochets, la citation abrégée du journal ou du livre dans lequel la description originale a été publiée, suivie du code unique de la référence (CAS RefNo) utilisée dans la section Littérature citée (Literature Cited Part V), par exemple [Proc. Calif. Acad. Sci. v. 43 ; ref. 1234]. Une abréviation a été décidée pour les titres des livres, des monographies et autres travaux hors périodiques, par exemple [Fish. Nile ; ref. 6510].
PAGE. La page, généralement une seule, où commence la description principale du nouveau taxon (et pas nécessairement la page où le nom du nouveau taxon est mentionné en premier). La mention de plusieurs pages indique généralement que le nouveau taxon a été sommairement présenté (tel que dans une clef) puis détaillé à une page ultérieure. Généralement, la page du traitement sommaire est citée entre parenthèses, par exemple (14)30. Des pages entre crochets sont assignées aux travaux non paginés ou séparés dans lequel la pagination est différente de la publication originale, par exemple 456[25].
FIGURES. Les figures illustrant la description originale. Si une figure se trouve dans une planche, son numéro est donné en chiffres arabes suivi de la mention de la figure entre parenthèses, par exemple « Pl. 4 (fig. 2) » ou « Pl. 2 (upper) ». Si une figure du texte et une planche sont concernées, le chiffre du texte est indiqué avec un ‹ F › en majuscule, comme dans « Pl. 4 (fig. 2), Fig. 24 ». La mention isolée d'une figure du texte est aussi indiquée avec un ‹ F › en majuscule, comme dans « Fig. 1 ». Ces indications sont limitées aux planches et figures illustrant les spécimens ou des parties des spécimens. Elles ne sont pas données par exemple pour les cartes de répartition.
TYPES. La localisation des spécimens. Un système d'abréviations repère les muséums qui possèdent des spécimens types dans leur collection ; une liste en est donnée dans les tables GLOSSARY et MUSEUM de FishBase. Les différentes sortes de types, et la manière dont ils sont établis, sont présentés dans l'Appendice A du Catalog. Divers systèmes de numérotation existent dans les muséums, quelques-uns avec des nombres uniques, les autres avec des nombres précédés par des lettres, etc. Si le(s) spécimen(s) est(sont) originaire(s) d'un autre muséum, le numéro d'origine est indiqué entre crochet à la suite du numéro actuel, par exemple USNM 12345 [ex BPBM 3456].
Le type porte-nom unique est indiqué en premier quand il existe, par exemple holotype, lectotype, ou néotype. Les lectotypes et les néotypes exigent une désignation (voir l'Appendice A du Catalog), et des informations sont données dans les commentaires. Si aucun type porte-nom unique n'existe, alors les syntypes sont indiqués. Le nombre de spécimens d'un lot est indiqué entre parenthèses. L'absence de spécimen type est indiquée dans les commentaires. Les points d'interrogation sont utilisés pour indiquer le doute quant au statut, par exemple « Paratype : ?USNM 34567 (3) ».
C'est la première tentative pour établir un catalogue mondial des types de poissons. Les informations sont extraites de plusieurs sources. Les catalogues de types des collections consultés sont précisés dans les commentaires, par exemple « Type catalog : Böhlke 1984 :16 [ref. 13621] ». Les monographies et les révisions impliquent souvent un examen des types, et quelques références déterminant le statut des taxons peuvent inclure des informations sur les types. Quelques articles traitent spécifiquement des spécimens types. Pour quelques groupes, tels que les dards (Percidae : Etheostoma spp.), les Myctophidae ou les Callionymidae, des catalogues par famille existent et incluent des informations sur les types. Dans quelques cas, nous avons personnellement examiné les spécimens types dans les collections.
Malgré ces sources, la disponibilité et la localisation des types pour de nombreuses espèces sont incertaines. Dans certains cas, les diverses sources que nous avons utilisées indiquent un nombre de spécimens plus grand ou plus petit que dans la description originale ; dans quelques cas, nous avons pu indiquer le nombre réel entre parenthèses, par exemple « Syntypes : (10) ». Nous indiquons par exemple « Not found » (pas trouvé) ou « No types known » (pas de type connu) quand c'est la meilleure information que nous ayons pu obtenir. Dans quelques cas, nous avons pu indiquer l'état du spécimen, par exemple peau séchée, squelette, désagrégé, mauvais état. L'expression ‹ c&s › indique des spécimens éclaircis et colorés pour une étude anatomique.
TYPE LOCALITIES (LOCALITÉS-TYPES). Si un seul type porte-nom est mentionné, alors la localité de ce type fondamental est indiquée ; en revanche, aucune localité n'est indiquée pour les types secondaires existants. Si une série de syntypes d'origines différentes est mentionnée, une localité générale peut être indiquée en premier, suivie des localités secondaires en regard de chaque lot correspondant. Nous avons longuement hésité sur la manière de présenter les localités. Il a été décidé d'actualiser la localité portée dans la description originale (parfois indiquée entre parenthèses) d'après un atlas, un dictionnaire géographique, ou un gazetteer récent, et de la compléter en ajoutant le pays moderne, et parfois, la latitude et la longitude. Par exemple, pour Kosseir comme localité originale, nous indiquons Al-Quseir [Kosseir], Egypt, Red Sea et pour Ceylon nous utilisons Sri Lanka. Pour quelques localités, il est difficile d'être plus précis que la description originale, par exemple Carolinas, à laquelle nous ajoutons U.S.A. Les indications sont ordonnées de la plus précise à la plus générale, la dernière étant généralement le pays. Les numéros des stations des campagnes océanographiques, bien que n'étant pas en soi des localités géographiques, sont indiqués quand les listes de ces stations ont été publiées, par exemple les stations de l'Albatros. Nous n'indiquons pas les numéros personnels des collecteurs, ni leur nom, ni la date de collection et autres informations qui ne font pas partie de la localité géographique. La profondeur de capture est indiquée après les informations sur la localité (voir aussi ‹ La table EXPEDITION ›, ce volume). Une altitude de capture peut être indiquée pour les collections dans les eaux continentales, par exemple « … elev. 3460 m ». Comme la gestion des collections tend à s'informatiser dans le monde entier, les spécialistes seront capables d'obtenir directement des informations plus détaillées sur les types en consultant les bases de données maintenues par les muséums, ou d'y faire référence. Répertorier les types dans les muséums qui les détiennent était notre but pour faciliter leur étude par les spécialistes en aidant ceux-ci à les localiser.
REMARKS (REMARQUES). Une variété de remarques peuvent suivre les informations sur les types et leur localité, et sont généralement présentées dans un ordre standard.
a. AUTRES PAGES ET PUBLICATIONS. Quand la description originale est parue dans des feuillets séparés (tiré-à-part, réimpression) avec une pagination différente, cette information est indiquée en premier, par exemple « Appeared on p. 4 of separate » (Apparaît en p. 4 de feuillets séparés). Quand le taxon est publié simultanément dans un autre article, cette information est indiquée, généralement sous la forme, « Also appeared as new in … » (Apparaît aussi comme nouveau dans …).
b. ORTHOGRAPHES ORIGINALE ET MULTIPLES. Quand le nom du taxon est orthographiée d'une façon qui exige une correction obligatoire, le nom original mal orthographié peut être indiqué, par exemple « Spelled albo-marginatus originally », (Originalement albo-marginatus). Les mauvaises orthographes des noms de genre originaux sont indiquées. Des remarques sont ajoutées quand plusieurs orthographes du nom du taxon sont utilisées dans la description originale. Parfois, une orthographe est considérée comme une erreur typographique, parfois la décision est reportée en attente d'un premier réviseur.
c. NOMS PRÉOCCUPÉS / NOMS DE REMPLACEMENT. Les homonymes primaires et secondaires sont mentionnés, par exemple pour Dentex rivulatus Rüppell 1838, « Preoccupied by Dentex rivulatus Bennett 1838, replaced by Gymnocranius ruppellii Smith 1941 » (Préoccupé par Dentex rivulatus Bennett 1838, remplacé par Gymnocranius ruppellii Smith 1941). [Plus de 500 homonymes primaires sont connus chez les poissons.]
d. ÉMENDATIONS. Les erreurs d'orthographe et autres émendations sont indiquées.
e. AUTRES REMARQUES. Les désignations de type subséquentes nécessaires, par exemple de lectotypes ou de néotypes, sont signalées. Les décisions de la Commission Internationale peuvent être mentionnées. Les fautes d'orthographe importantes et les émendations injustifiées sont aussi signalées.
f. STATUT. Le statut de chaque espèce ou sous-espèce nominale est indiqué. Nous avons limité cette mention au niveau de l'espèce. Par exemple, un nom originellement proposé pour une sous-espèce peut être valide (comme espèce), ou synonyme d'une autre espèce ; son statut de sous-espèce est parfois mentionné quand il est valide, par exemple « Synonym of … but as a valid subspecies (Jones 1984 [ref. 12345]) » (synonyme de … mais valide comme sous-espèce (Jones 1984 [ref. 12345])). Un nom peut être valide selon plusieurs modalités. Le nom original de l'espèce peut être valide tel quel (même orthographe du genre et de l'espèce), auquel cas le nom est signalé comme « Valid » (valide). Le nom de l'espèce peut être valide mais placé dans un autre genre depuis la description originale auquel cas le genre actuel est mentionné, par exemple « Valid as Serranus guttatus » (valide comme Serranus guttatus). Parfois le nom de l'espèce (notamment dans le cas des adjectifs) doit être accordé au genre grammatical du nom de genre. Par exemple, marmorata devient marmoratus si le nom du genre original était féminin et celui du genre actuel masculin. Quand le nom est un synonyme, l'auteur et la date du nom valide sont mentionnés : selon que ce dernier est un nom original ou a subi un changement de genre, l'auteur et la date sont ou pas mises entre parenthèses respectivement, par exemple « Synonym of Melanocetus murrayi Günther 1887 » (Synonyme de Melanocetus murrayi Günther 1887), et « Synonym of Scyliorhinus stellaris (Linnaeus 1758) » (Synonyme de Scyliorhinus stellaris (Linnaeus 1758)). Si un nom est indisponible, nous utilisons la convention « In the synonymy of … » (dans la synonymie de …), car un nom indisponible n'est pas techniquement un synonyme d'un nom disponible. La référence du statut est indiquée entre parenthèses. Elle comprend typiquement l'auteur, la date, la page et un code numérique de la référence. La page est souvent omise si l'article est seulement dédié à ce taxon. La page citée fait référence à la page où le statut du taxon est discuté. Généralement, seules les publications postérieures à 1980 sont utilisées pour indiquer le statut, à part quelques monographies antérieures. [Les références pour la mention du statut n'ont pas été choisies d'une façon organisée, et il doit être noté que des milliers d'autres références auraient pu être consultées avec du temps.]
FAMILLE / SOUS-FAMILLE. Chaque fiche indique la famille et la sous-famille (si elle existe) dans laquelle l'espèce nominale a été placée (voir la partie III du Catalog). Quelques espèces ou sous-espèces peuvent être classées seulement à la classe, l'ordre ou le sous-ordre.
Comment y arriver
Cliquer sur le bouton Eschmeyer's SPECIES dans la fenêtre SEARCH SPECIES BY … ou en cliquant sur l'épithète spécifique dans la vue SPECIES ou la vue SYNONYMS. Le nom interne de cette table est PISCES.
Référence
Eschmeyer, W.N. 1990. Catalog of the genera of recent fishes. California Academy of Sciences, San Francisco. 697 p.
William N. Eschmeyer
Cette partie traite de tous les noms du groupe-genre de poissons actuels (genres et sous-genres, rapportés collectivement à ‹ genre › dans le Catalog) rangés par ordre alphabétique. Pour chaque nom et dans cet ordre, les informations suivantes sont indiquées :
NAME (NOM). Le nom original du groupe-genre. L'orthographe originale est utilisée sauf si des règles du Code exigent des changements obligatoires, tels que la suppression des traits d'union (par exemple, le changement de Lucio-Perca en Lucioperca).
SUBGENUS OF (SOUS-GENRE DE). Quand le nom a été proposé pour un sous-genre, le nom du genre dans lequel il était classé est indiqué entre parenthèses.
AUTHOR (AUTEUR). L'auteur du nouveau nom (voir Auteur dans Les espèces de poissons ci-dessus).
DATE. L'année de publication (voir aussi la discussion sur les dates de publication dans l'Appendice A du Catalog).
PAGE. La page, généralement une seule, où commence la description principale du nouveau taxon (et pas nécessairement la page où le nom du nouveau taxon est mentionné en premier). La mention de plusieurs pages indique généralement que le nouveau taxon a été sommairement présenté (tel que dans une clef) puis détaillé à une page ultérieure. Généralement, la page du traitement sommaire est citée entre parenthèses, par exemple (14)30. Des pages entre crochets sont assignées aux travaux non paginés ou séparés dans lequel la pagination est différente de la publication originale, par exemple 456[25]. Quand plusieurs pages sont mentionnées, le genre peut apparaître en premier dans une clef par exemple, puis plus tard dans le texte avec des informations additionnelles. Dans certains travaux anciens où une description générique typique n'a pas été consignée, plusieurs pages liées à la publication du nom peuvent être mentionnées.
REFERENCE AND REFERENCE NUMBER (RÉFÉRENCE ET CODE DE RÉFÉRENCE). Voir le chapitre ‹ Les espèces des poissons ›, ci-dessus.
GENDER (GENRE GRAMMATICAL). Le genre grammatical du nom. Abréviations dans le Catalog : Fem. = féminin, Masc. = masculin, Neut. = neutre.
TYPE SPECIES, AUTHOR, DATE (ESPÈCE-TYPE, AUTEUR, DATE). Le genre original, le nom spécifique, l'auteur, et la date de publication de l'espèce-type. Les corrections obligatoires des noms d'espèces ont été faites. La citation occasionnelle d'une deuxième espèce entre parenthèses peut avoir plusieurs significations (généralement détaillées dans les remarques). L'espèce entre parenthèses est typiquement le synonyme objectif le plus ancien, notamment quand l'auteur du genre l'a remplacée inutilement par un nouveau nom d'espèce. Dans d'autres cas, l'auteur du nouveau genre ou sous-genre a attribué l'espèce-type non pas à son auteur original, mais à un auteur subséquent ; en principe, l'auteur original de l'espèce est indiqué (sans ce soucier de l'auteur de l'espèce attribué par l'auteur du genre), mais certaines précisions sont parfois apportées, par exemple espèce-type Alpha beta de Jones ( = Gamma delta Smith 1945 ). Quand un auteur fait une désignation d'équivalence entre espèces-types (l'espèce-type est sp1 = sp2), des précisions sont insérées dans les remarques. L'utilisation des parenthèses dénote les synonymes objectifs, mais PAS les décisions taxinomiques subjectives quant au statut de l'espèce-type.
REMARQUES. Les remarques qui suivent concernent la méthode de désignation du type, le désignateur subséquent, des commentaires sur l'homonymie, les erreurs d'orthographe, les émendations et d'autres remarques associées. Elles sont généralement présentées dans cet ordre standard.
a. MÉTHODE DE DÉSIGNATION DE TYPE. La méthode de désignation de l'espèce-type (désignation originale ou subséquente). Ce sujet, détaillé dans l'Appendice A du Catalog, paraît causer beaucoup de soucis aux chercheurs actuels. Bien que le « type par désignation originale » ait la primauté sur toute autre forme de désignation, il existe une différence entre désignation originale par monotypie et désignation originale ; le premier cas assure que lors de la description du genre, une seule espèce valide était incluse dans ce genre, alors que dans le deuxième cas, il y en avait plusieurs. Un autre détail est parfois mentionné, par exemple Type par monotypie (aussi par utilisation de typus), mais dans ces cas, l'usage de typus ou de toute dénotation similaire est une indication qui est prise en compte seulement quand il y a originalement plusieurs espèces incluses dans le genre et à défaut d'une désignation prioritaire. Quand l'espèce-type est désignée après la description originale, d'autres renseignements sont fournis comme la citation de la désignation subséquente.
b. PARUTIONS SECONDAIRES. Si le nom de genre est paru simultanément à ou peu après la première publication dans un deuxième travail, ce dernier est aussi cité. Il n'était pas rare dans la littérature ancienne qu'un auteur publie une description d'un nouveau genre plus d'une fois.
c. NOMS PRÉOCCUPÉS (HOMONYMIE). Les noms qui sont indisponibles à cause d'un usage antérieur sont dits ‹ préoccupés ›. Pour être sûr qu'un genre de poissons est effectivement préoccupé, par exemple chez les insectes, la description originale de l'insecte devra être revue pour confirmer l'orthographe originale, la date, la disponibilité, et autres détails. Les noms préoccupés chez les poissons ont été vérifiés, mais pas les noms préoccupés chez les autres groupes.
d. ERREURS D'ORTHOGRAPHE ET ÉMENDATIONS. Les erreurs d'orthographe mentionnées sont celles trouvées dans des articles ultérieurs de l'auteur original, dans l'ouvrage de Jordan Genera of Fishes, dans le Zoological Record où le genre a été cité pour la première fois, dans des travaux conséquents (tel que des monographies), ou dans les références utilisées pour documenter le statut du genre. Beaucoup d'autres fautes d'orthographe n'ont pas été captures en compte. Les émendations exigent une étude prudente ; quelques-unes ont été évaluées comme des émendations justifiées, injustifiées, ou comme de simples erreurs d'orthographe. L'expression « Spelled … » (épelé …) indique celles dont la valeur n'a pas été ainsi évaluée à la suite d'une étude.
e. AUTRES REMARQUES. Les décisions de la Commission Internationale de Nomenclature Zoologique (CINZ), des remarques nomenclaturales, et d'autres commentaires.
f. STATUT. N'est pas toujours indiqué. Les citations qui documentent le statut comprennent l'auteur, la date, la page et le code numérique de la référence. Quand aucune page n'est précisée, l'article entier traite de ce seul taxon. Par exemple pour Brochus, la référence « Nijssen & Isbrücker 1983 [ref. 5387] » ne traite que de ce genre. Les pages citées sont celles où le statut du taxon est effectivement discuté, indépendamment du fait que le taxon puisse être mentionné ailleurs dans le même article ; pour les genres qui sont des synonymes plus récents, la page citée correspond généralement à celle où la synonymie est établie explicitement.
Le statut de quelques genres n'est pas indiqué. Certains sont des synonymes anciens oubliés de la littérature actuelle, ou bien non révisés récemment. Dans quelques cas, le statut a été obtenu en cherchant la position de l'espèce-type dans un genre actuel, même si ce dernier n'était pas mentionné ; ces cas sont annotés comme « Synonym of … (Paxton et al. 1989 : 470 [ref. 12442] based on placement of type species) » (synonyme de … (Paxton et al. 1989 : 470 [ref. 12442] d'après la position de l'espèce-type).
En général, seule la littérature des 15-20 dernières années a été utilisée pour documenter le statut, bien que quelques monographies anciennes aient été prises en compte, surtout quand cette monographie est le seul traitement approfondi disponible qui mentionne le taxon. Dans quelques articles de systématique actuels, les auteurs ont tendance à omettre les vieux synonymes. Le but en documentant le statut actuel des taxons n'est pas de fournir une synonymie étendue, mais de donner une ou quelques références récentes qui servent de point de départ vers d'autres références traitant du taxon. Les informations peuvent être obtenues à la fois à partir des fiches sur les genres et des fiches sur les espèces ; par exemple, une référence au statut d'un genre peut n'apparaître sous aucune espèce, et l'inverse peut être vrai.
FAMILLE / SOUS-FAMILLE. Chaque commentaire contient la famille et la sous-famille (si elle existe) dans lequel le genre est classé (voir ci-dessous).
Comment y arriver
Cliquer sur le bouton Eschmeyer's GENERA dans la fenêtre SEARCH SPECIES BY …, sur le bouton Genus dans la vue SPECIES, ou double-cliquer sur le nom générique dans la vue SYNONYMS.
William N. Eschmeyer
La classification utilisée pour les espèces (Partie III du Catalog) et pour les genres (Partie IV du Catalog) est la même mais est différente de celle publiée en 1990 (Eschmeyer 1990). L'objectif original était de fournir un agencement des ordres, familles et sous-familles (et éventuellement des sous-ordres). La partie classification était cependant secondaire à l'objectif de compilation des Parties I et II du Catalog. Malheureusement, aucune classification n'est actuellement acceptée par l'ensemble des ichtyologistes, et de nombreux travaux sont en cours sur la classification des taxons des catégories supérieures. Nombre d'entre eux suivent la classification de Nelson (1994), et nous l'avons généralement suivie. Par ailleurs, les études cladistiques, souvent fondées sur l'examen d'un faible échantillon de taxons par taxon supérieur, produisent des hypothèses de parenté qui nécessitent une confirmation ultérieure par d'autres spécialistes. La cladistique offre une méthodologie rationnelle et logique pour étudier les relations entre taxons, qui reste cependant dépendante des problèmes de parallélisme et de sélection des extra-groupes pour la polarisation des caractères. Souvent, de nombreux arbres produits par les programmes informatiques présentent des différences substantielles entre eux. Adopter chaque nouvelle hypothèse proposée n'est pas souhaitable dans un travail tel que celui-ci, où une certaine stabilité est désirée à des fins de communication à une audience élargie. Le but de la classification est de regrouper des genres et des espèces apparentés sans pour autant refléter les infimes ramifications de leurs relations. Par exemple, si une étude récente montre qu'un groupe de genres d'une famille constitue un ensemble spécialisé au sein de cette famille, ou hautement modifié d'une autre famille, ces genres sont déplacés dans une nouvelle famille, tout en restant groupés au sein d'une sous-famille pour exprimer leurs relations étroites. Quelques sous-familles pourtant utilisées dans la littérature actuelle n'ont pas été ici retenues pour des familles ne comprenant que quelques genres, ou pour des familles importantes comme les Cyprinidae lorsqu'il n'existe pas d'accord général sur leur subdivision exhaustive, c'est-à-dire même si quelques sous-familles spécialisées peuvent être aisément définies.
Les synonymes des noms du groupe-famille ne sont pas indiqués, et les index des taxons supérieurs en fin des Parties III et IV ne comprennent que les noms effectivement cités. Cependant, il est possible de déterminer la position actuelle d'une famille ou d'une sous-famille absente explicitement de notre classification. Si on ne dispose pour une espèce que d'une famille qui n'est pas retenue dans notre classification, il suffira de rechercher dans la partie II du catalogue le nom de genre qui constitue la racine du nom de cette famille (puisque les noms des familles et des sous-familles sont ainsi construits en ajoutant respectivement le suffixe -idae et -inae au radical d'un nom de genre) ; la famille actuelle de ce genre y est indiquée.
Les noms du groupe-famille utilisés dans la classification suivent l'usage courant. Quelques problèmes persistent cependant concernant l'antériorité (le nom le plus récent est utilisé au lieu du plus ancien), des erreurs d'orthographe ou une double orthographe utilisée indifféremment dans la littérature (par exemple Engraulidae et Engraulididae). Voir Robins et al. (1980 : 4 [ref. 7111], Steyskal 1980 [ref. 14191], et Géry 1989 [ref. 13422]). Ces problèmes ne sont pas directement traités dans le Catalog, mais quelques commentaires sont faits sur les noms du groupe-famille à la mention de leur genre-type (voir par exemple Phosichthys et Bovichtus).
Quelques genres ou espèces ne sont pas classés dans une famille. Quelques-uns sont basés sur des spécimens mythiques, indéterminables, où le nom est donné sans description ; la plupart sont des noms indisponibles. Ils sont souvent classés dans une classe, un ordre ou un sous-ordre. Dans la liste des genres, les genres non classés apparaissent à la fin. Le nom interne de cette table est LINEAGES.
Références
Eschmeyer, W.N. 1990. Catalog of the genera of recent fishes. California Academy of Sciences, San Francisco. 697 p.
Eschmeyer, W.N., Éditeur. 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 tomes. 2905 p.
Géry, J. 1989. Sur quelques noms du groupe-famille chez les poissons. Rev. Fr. Aquariol. 16 (1) : 5-6.
Nelson, J.S. 1994. Fishes of the world. 3ème édition. John Wiley and Sons, New York. 600 p.
Robins, C.R., R.M. Bailey, C.E. Bond, J.R. Brooker, E.A. Lachner, R.N. Lea et W.B. Scott. 1980. A list of common and scientific names of fishes from the United States and Canada (Fourth Edition). Am. Fish. Soc. Spec. Publ. 12 : 1-174.
Steyskal, G.C. 1980. The grammar of family-group names as exemplified by those of fishes. Proc. Biol. Soc. Wash. 93(1) : 168-177.
William N. Eschmeyer
Ce chapitre traite des citations de toute la littérature mentionnée dans les parties précédentes, ainsi que des références supplémentaires qui complètent une série effectivement citée en partie seulement.
AUTHOR (AUTEUR). Les initiales des auteurs sont indiquées de manière standardisée pour réaliser une impression en ordre chronologique. Par exemple, Theodore Gill cité T. Gill, T.N. Gill, ou Theodore Gill par ailleurs, est uniquement cité ici T.N. Gill, bien que les deux initiales n'apparaissent pas dans toutes ses publications. Si le nom d'un auteur contient normalement un signe diacritique, il est ajouté à toutes les citations de cet auteur, par exemple Géry publie sous les deux orthographes Géry et Gery. Les signes diacritiques de certaines langues comme le roumain ne sont cependant pas utilisés. Les noms Chinois sont indiqués sous leur forme anglaise ; ils comportent typiquement un nom de famille et deux prénoms, souvent accolés ou liés par un trait d'union ; Wu est ainsi noté H.-W. Wu bien que dans les articles, son nom puisse être cité Wu Hsienwen, Wu Hsien-Wen, H.-w. Wu, H.-W. Wu, ou H.W. Wu.
Tous les noms avec la particule ‹ de › sont entrés sous une seule forme ; par exemple de Buen, qui publiait sous Buen ou de Buen. Quelques références croisées de noms sont indiquées.
Les chapitres de nombreux livres volumineux comme le Smiths' sea fishes sont signés par différents spécialistes ; pour désigner ceux-ci comme auteurs, notamment dans le cas de discussion de statut, chacun de ces chapitres constitue une référence distincte avec son propre code numérique.
L'arrangement par auteur est alphabétique. Cependant lors des extractions de la base de données vers le traitement de texte, la présence de signes diacritiques déplace les noms au-delà de leur place normale. Par exemple, les références Günther apparaissent en toute fin de la liste G. Ils ont été ‹ manuellement › replacés. Le tri alphabétique est fait sur les deux premiers auteurs, ainsi les entrées à plus de deux auteurs peuvent ne pas être dans l'ordre correct.
DATE OF PUBLICATION (DATE DE PUBLICATION). L'année donnée est celle pendant laquelle la publication est parue en premier et rendue disponible (publiée). La date peut être différente de celle indiquée sur le journal ou l'ouvrage, et peut être avancée à cause de la diffusion de prétirages (voir l'Appendice A du Catalog). Le mois et parfois le jour de publication sont indiqués après l'année entre parenthèses quand ils ont été précisés. Les références sont triées par année mais pas par mois.
REFERENCE AND REFERENCE NUMBER (RÉFÉRENCE ET CODE DE RÉFÉRENCE). Chaque référence a un code numérique unique indiqué entre parenthèses. Ce numéro correspond à l'entrée de cette référence dans une base de données plus large maintenue à la California Academy of Sciences. Un nombre unique est utilisé au lieu de ‹ a, b, c, etc. › parfois utilisés dans des bibliographies plus restreintes. Les nombres uniques ont été utilisés pour tester que les descriptions originales pouvaient être accédées par le couple code/page de la référence. L'usage des codes de référence permet aussi des recherches par ce code et le téléchargement électronique.
TITLE (TITRE). Le titre de l'article est mentionné comme il a été publié et non celui de la table des matières par exemple qui peut être parfois différent. Les noms scientifiques sont mis en italique même si pour des contraintes techniques, ils n'ont pas été imprimés comme tels dans la publication originale. Les titres en russe, japonais, et chinois sont traduits en anglais.
BOOK AND JOURNAL CITATIONS (CITATION DES OUVRAGES ET DES PÉRIODIQUES). Les abréviations des périodiques suivent en général celles du BioSciences Information Service Serial Sources for the BIOSIS Data Base, volume 1984. Nous avons abrégé les titres des périodiques anciens interrompus qui ne sont pas dans la liste BIOSIS. Les premières lettres de tous les noms et adjectifs sont des majuscules, par exemple Proc. Acad. Nat. Sci. Phila. est utilisé au lieu de Proc. Acad. nat. Sci. Phila. Pour aider les recherches en bibliothèque, nous précisons le volume (v), le numéro (no.), la partie (pt), et d'autres détails, mais généralement, si un mot étranger (par exemple tome ou fascicule) correspond à un mot anglais, l'abréviation anglaise équivalente est utilisée. Ces indications sont suivies par la pagination et la mention des planches éventuelles.
REMARKS (REMARQUES). Les informations entre parenthèses comprennent la langue originale de l'article s'il n'est pas déductible du titre, les sources précisant des dates de publication, en particulier pour les travaux publiés par parties. L'indication « Not seen » (pas vu) à la fin d'une référence indique que le travail ou l'article n'a pas été consulté.
Comment y arriver
Cliquer sur le bouton Eschmeyer's References de la vue REFERENCES, double-cliquer sur le champ Author de la vue SPECIES, ou double-cliquer sur le champ Author de la vue SYNONYMS.
William N. Eschmeyer
Un travail de ce volume et de cette complexité contiendra beaucoup d'erreurs et de contradictions. Certaines peuvent être évitées, et le meilleur des choix possibles retenu. Pour des contradictions sur les dates, celles indiquées dans la partie ‹ References › sont plus fiables que dans le reste des données. Beaucoup de problèmes persistent néanmoins. Par exemple, plusieurs articles de Steindachner sont parus dans trois publications différentes ; le résultat des efforts faits à Vienne pour déterminer l'ordre de publication a été utilisé dans la Partie I mais pas complètement dans la Partie II du Catalog [introduisant ainsi des contradictions]. L'orthographe, l'auteur et la date des espèces-types dans la partie ‹ Genera › et dans la partie ‹ Species › peuvent être différents ; les informations dans la partie ‹ Species › sont plus fiables. L'agencement des taxons dans une classification (Parties III et IV du Catalog) a été réalisé automatiquement, et les taxa, auteurs et dates devraient être en complet accord avec les informations des arrangements alphabétiques correspondants. La citation courte précédant le code de référence a été entrée automatiquement pour la partie ‹ Genera ›, mais des différences dues à l'utilisation d'un autre processus d'entrée en deux étapes peuvent exister dans la partie ‹ Species ›. Le code de référence associé à une description originale a été assigné automatiquement, et ils devraient tous être en accord, sauf quelques-uns dans les parties liées au statut où des erreurs de saisie sont possibles. Les familles et sous-familles ont été assignées automatiquement et devraient être en accord avec la répartition dans la classification. À cause de la façon dont nous avons saisi les références de statut en utilisant les touches de fonction, la page où l'auteur a traité le taxon peut être erronée de une ou plusieurs pages, mais le numéro de la référence devrait être exact. Des abréviations des collections des muséums sont généralement utilisées dans les articles de taxinomie pour raccourcir le numéro de collection qui désignent les spécimens, mais des changements et de nombreux ajouts ont été introduits ; il y a des contradictions dans notre utilisation des abréviations, et certaines sont absentes de la liste.
Les noms scientifiques représentent l'unité de base de la table SPECIES qui constitue la ‹ colonne vertébrale › de FishBase. Toute information dans FishBase est liée directement ou indirectement à au moins une espèce, et les informations sont principalement accessibles par cette table.
À ce jour, la table SPECIES contient plus de 23 000 des quelque 25 000 espèces de poissons existantes. FishBase inclut tous les poissons qui sont importants pour l'homme comme source de nourriture, poisson ornemental, poisson de pêche sportive ou appât, considérés comme menacés ou dangereux pour l'homme.
Sources
Les informations dans la table SPECIES sont extraites de près de 3 000 références bibliographiques telles que les FAO Species Catalogues (par exemple Carpenter et Allen 1989), la série des poissons de l'Indo-Pacifique (par exemple Woodland 1990), d'autres révisions taxinomiques (par exemple Pietsch et Grobecker 1987) ainsi que des catalogues faunistiques telles que Daget et al. (1984, 1990), Myers (1991), Robins et al. (1991), Shao et al. (1992) et Talwar et Jhingran (1992). Pour une discussion des difficultés soulevées par l'utilisation des sources secondaires, voir ‹ La table SYNONYMS › et la section ‹ Kent Carpenter › du chapitre ‹ La réalisation de FishBase ›.
La table SPECIES présente le nom scientifique valide et l'auteur d'une espèce ou sous-espèce et l'assigne à une famille, un ordre et une classe. Un nom commun anglais unique est indiqué (voir la discussion sur le FishBase Name ci-dessous). Des informations supplémentaires dans la table SPECIES concernent l'âge et la taille maximum, l'habitat, les utilisations humaines et des remarques biologiques générales. Les références utilisées sont indiquées.
Cliquer sur un des divers boutons vous permet d'obtenir, une illustration de l'espèce, une carte de sa répartition géographique, les taxons supérieurs, les synonymes, les noms communs, le cycle et les paramètres biologiques, toutes les références utilisées, tous les collègues qui ont contribué à l'apport d'informations ou qui les ont vérifiées, etc.
Les champs
Scientific name : Ce champ consiste en un nom générique valide selon Eschmeyer (1998) (pour des informations sur les genres, voir ‹ La table GENERA ›, ce volume) suivi d'un épithète spécifique valide (et éventuellement sous-spécifique) qui avec le genre forme le nom scientifique (Linnaeus 1758). À chaque fois qu'une sous-espèce est enregistrée dans FishBase, l'espèce originale est changée en sous-espèce, par exemple, après l'entrée de Salmo trutta fario, Salmo trutta est devenue Salmo trutta trutta (voir ‹ La table STOCKS › pour une discussion de ce sujet).
Double-cliquer dans le champ du nom scientifique permet de consulter ‹ La table PISCES d'Eschmeyer ›.
Author : Le nom de la personne qui a décrit l'espèce en premier et l'année durant laquelle la description a été publiée. Le nom d'un auteur entre parenthèses indique que l'espèce a été placée dans un autre genre depuis sa description originale. Le caractère ‹ & › est utilisé pour indiquer des auteurs multiples, par exemple, Temminck & Schlegel 1844. Double-cliquer dans le champ Author pour voir la citation complète dans ‹ La table REFERENCES d'Eschmeyer ›.
FishBase Name : Un nom vernaculaire anglais unique suggéré par FishBase pour stabiliser les noms communs, et choisi comme suit :
Double-cliquer sur le nom FishBase ouvre une vue avec une liste des pays et des langues où ce nom commun est utilisé.
Jusqu'à présent, nous nous sommes abstenus de créer des noms communs et actuellement, 9 800 espèces n'en ont pas dans FishBase (voir ‹ La table COMMON NAMES ›, ce volume).
L'espèce est classée dans les taxons supérieurs, Subfamily (Sous-Famille), Family (Famille), Order (Ordre) et Class (Classe), selon Eschmeyer (1998).
| Encadré 4. Nous ne croyons pas aux
codes. Au fil des années, il a été souvent suggéré que nous devrions utiliser FishBase pour établir un système global de codes uniques pour les poissons ; de tels systèmes de codage sont particulièrement appréciés des programmeurs, probablement parce qu'ils s'intègrent parfaitement aux langages informatiques comme les assembleurs, le FORTRAN ou le C, et les systèmes d'exploitation tel que Unix. Les avantages suivants des codes sont généralement cités :
Cependant, aucun de ces avantages présumés n'a
supporté l'épreuve du temps. Les systèmes de codage
qui ont commencé avec 3-5 chiffres sont passés à 8-12
chiffres. Un système de codage numérique pour tous les
taxons nécessiteraient des codes à 40 chiffres ou plus
(Pinborg et Paule 1990). L'avènement d'ordinateurs
rapides à grande capacité de stockage, et des logiciels
de bases de données relationnelles modernes ont rendu
les avantages ci-dessus caducs. |
Main Ref.: Le code numérique de la source principale utilisée pour la nomenclature et pour les autres informations dans cet enregistrement. De préférence, ce sera la révision la plus récente de la famille ou du genre, ou une source primaire fondamentale aussi fiable (voir Sources ci-dessous). Les sources utilisées pour d'autres informations particulières sont indiquées dans des champs Ref. supplémentaires.
Cliquer sur l'icône poisson affiche une planche contact de toutes les illustrations de cette espèce disponibles dans FishBase.
Cliquer sur l'icône carte ouvre une fenêtre comprenant les diverses options d'affichage des cartes. Vous pouvez choisir de marquer tous les pays où une espèce est native ou introduite, de visualiser les voies d'introduction, ou de situer les signalements de captures (points jaunes) répertoriés pour la famille, le genre ou l'espèce.
Les informations sur le statut des données
Cliquer sur le bouton Status affiche des informations sur l'enregistrement courant. La plupart des champs sont seulement à usage interne. Les champs comprennent :
Author Ref. : Code numérique de la publication originale de la première description. Double-cliquer dans le champ pour voir la citation complète de la référence.
SpecCode : Le code numérique interne (compteur) de l'espèce.
FamCode : Le code numérique (compteur) de la famille de l'espèce.
Source : Un champ textuel d'un seul caractère qui indique quelle sorte de source a été utilisée ; R = Révision (la plus) récente (c'est-à-dire, la source préférée) ; O = autre source (Other ; moins fiable, à remplacer dès que possible).
Synopsis checked : Le premier champ donne le code numérique du membre de l'équipe ou du collaborateur de FishBase qui a imprimé et vérifié le synopsis complet. Il est suivi par un champ qui indique la date de vérification.
ASFA checked : Le champ indique la date à laquelle (et si) une recherche dans les Aquatic Sciences and Fisheries Abstracts (ASFA) a été faite et utilisée pour l'espèce courante.
ISSCAAP code : Le code numérique de l'espèce selon la Classification Statistique Internationale Type des Animaux et des Plantes Aquatiques (CSITAPA, FAO-FIDI 1994 ; voir aussi ‹ La table CSITAPA ›, ce volume).
Entered, Modified and Checked : Ces champs donnent le code du membre ou collaborateur FishBase qui a assuré la création, la modification et la vérification de l'enregistrement et les dates respectives. Double-cliquer sur le code pour obtenir des informations sur la personne (par exemple, ses contributions à FishBase, ses coordonnées, etc.).
Des informations environnementales
Le bouton Environment vous donne accès aux champs suivants :
Freshwater, Brackish and Saltwater : Des champs oui/non qui indiquent si l'espèce se trouve en eau douce, saumâtre et/ou marine, à au moins une phase de son cycle de vie.
Habitat : Indique la situation préférée de l'espèce dans la colonne d'eau parmi les choix suivants (adapté de Holthus et Maragos 1995) :
Cette classification adaptée aux espèces marines est souvent difficile à appliquer aux poissons d'eau douce. Des suggestions pour l'amélioration de ces choix sont les bienvenues.
Migrations : Mode de migration de l'espèce, normalement pour le frai ou la nourriture parmi les choix suivants : anadrome, catadrome, amphidrome, potamodrome, limnodrome, océanodrome, non-migrateur.
Depth range : L'intervalle maximum de profondeur (en mètres) répertorié pour les juvéniles et les adultes (à l'exclusion des larves donc), du moins au plus profond.
Common depth : L'intervalle de profondeur (en mètres) où les adultes se trouvent le plus souvent. Cet intervalle peut aussi être déterminé comme l'intervalle dans lequel se trouvent approximativement 95 % de la biomasse.
Remarks : Un champ textuel pour des commentaires supplémentaires sur l'habitat, la nourriture, le comportement, l'utilisation humaine et d'autres informations sur l'espèce.
| Encadré 5. La température et la
taille maximale des poissons. Plusieurs relations
associent la température de l'environnement des poissons
et leur taille maximale ; des graphiques dans
FishBase illustrent diverses caractéristiques
biologiques des poissons à partir des courbes de taille
maximale en fonction de la température. Les valeurs utilisées dans ces graphiques proviennent
du champ de la longueur maximale de la table SPECIES pour
la taille, et pour les températures, soit : |
Fig. 5. Longueur maximale en fonction de la température pour des Gadidae et diverses espèces. La décroissance de la longueur maximale en fonction de la température croissante pour la famille (points noirs) est plus rapide que pour toutes les espèces (surtout si on ne considère pas le point de température inférieure à zéro, affecté par ‹ l'adaptation au froid › (voir Encadré 5)).
Cliquer sur le bouton Size/Age affiche les champs suivants :
Longevity : L'âge (en années) du plus vieux spécimen capturé en milieu naturel et/ou en captivité (aquariums et étangs) ;
Max. length : La longueur (en cm) des plus grands individus mâle (ou non-sexé) et femelle observés. Indication du type de longueur : SL (longueur standard) ; FL (longueur à la fourche) ; LT (longueur totale) ; WD (largeur du disque pour les raies) ; NG (n'est pas précisé) ; OT (autre) ;
Common length : La longueur commune (en cm) des individus mâles (ou non-sexés) et femelles capturés ou vendus. Mêmes types de longueur que ci-dessus ;
Max. weight : Le poids total (en g) des plus grands individus mâle (ou non-sexé) et femelle observés.
Cliquer sur le bouton L-W relationship(s) affiche une courbe générale de la relation entre la longueur et le poids du corps pour l'espèce (voir ‹ La table LENGTH-WEIGHT › pour plus d'informations, ce volume).
Cliquer sur le bouton Growth curve(s) pour afficher une (ou plusieurs) courbe(s) représentant la relation entre la longueur du corps et l'âge pour l'espèce (voir ‹ La table POPGROWTH ›, pour plus d'informations, ce volume).
Poissons importants pour l'homme
Cliquer sur le bouton Importance pour voir les champs suivants :
Fisheries : Importance de l'espèce dans les pêcheries, parmi les choix suivants : grand intérêt économique ; intérêt économique ; faible intérêt économique ; pêche de subsistance ; intérêt potentiel ; aucun intérêt. Le champ à droite donne des informations sur cette importance et sur l'utilisation de l'espèce dans les pêcheries.
Catches : Le débarquement/rendement moyen global pour l'espèce (en tonnes par an) parmi les choix suivants : jusqu'à 1 000, de 1 000 à 10 000, de 10 000 à 50 000, de 50 000 à 100 000, de 100 000 à 500 000 et plus de 500 000 (voir FAO 1995 pour plus d'informations). Le champ à droite donne des informations sur les pays et les régions où les débarquements de l'espèce sont les plus élevés.
Method : Deux champs indiquent la méthode la plus couramment utilisée pour capturer l'espèce, puis les autres, parmi les choix suivants : sennes, chaluts, dragues, carrelets, éperviers, filets maillants, pièges, hameçons et lignes, engins divers, autres. Les choix pour les autres méthodes sont indiqués par des champs oui/non.
Aquaculture : Indique l'usage de l'espèce en aquaculture parmi les choix suivants : jamais/rarement (par défaut), intérêt économique, expérimental, utilisation future possible.
Bait : Indique l'usage de l'espèce comme appât dans les pêcheries parmi les choix suivants : jamais/rarement (par défaut), occasionnellement, généralement.
Aquarium trade : Indique l'usage de l'espèce dans le marché aquariophile parmi les choix suivants : jamais/rarement (par défaut) ; intérêt économique (pour les poissons qui sont trouvés dans les magasins d'aquarium dans le monde entier) ; potentiel (pour les poissons qui sont petits, faciles à conserver, et sont remarquables par leurs formes, leur coloration et/ou leur comportement) ; aquarium public (pour les poissons montrés dans les aquariums publics et qui sont trop grands ou trop difficiles à garder dans des aquariums personnels). Le champ suivant indique si la demande du marché est satisfaite par des élevages (par exemple les guppys) ou par des captures en milieu naturel (par exemple la plupart des espèces marines).
Game : Ce champ oui/non indique si l'espèce est citée dans la liste des World Record Game Fishes, publiée annuellement par l'International Game Fish Association (IGFA, Pompano Beach, Florida, USA), ou répertoriée comme poisson de pêche sportive dans d'autres sources.
Dangerous fish : Indique si l'espèce est dangereuse pour l'homme parmi les choix suivants : inoffensif ; toxique à manger (le foie, les intestins ou la peau contiennent naturellement des substances toxiques) ; qui provoque des empoisonnements du type ciguatera (où les toxines sont accumulées dans les poissons le long de la chaîne trophique) ; venimeux (poissons avec des épines ou du mucus qui contiennent du venin) ; traumatogène (poissons qui pourraient blesser par morsure, dard ou piqûre) ; autres (y compris les poissons électriques capables de délivrer de fortes décharges électriques). Si un poisson a été rapporté comme ciguatoxique dans FishBase, double-cliquer sur ce champ affichera la vue sur la table CIGUATERA (ce volume).
Electrobiology : Les entrées dans ce champ traitent d'un phénomène qui a fasciné les naturalistes pendant des siècles, à savoir la capacité de nombreuses espèces de poissons à produire des champs électriques
Ces champs électriques, qui peuvent être extrêmement forts, sont utilisés à différentes fins, telles que l'orientation, la défense, la prédation et d'autres qui ne sont pas encore bien étudiées. La publication détaillée de P. Moller, Electric fishes (1995), a fourni l'occasion de traiter ce sujet de recherche ancien mais toujours très actif avec un seul champ, dont les choix sont tirés de la classification exposée dans ce travail. Le ‹ statut électrique › d'un poisson est renseigné par un des quatre choix suivants, ordonnés selon une séquence évolutive :
Les références pour ce champ consistent principalement en des citations de l'ouvrage de Moller, ou de l'un de ses chapitres signés par ses co-auteurs, qui constitue la révision la plus récente et la plus complète sur ce sujet. Le champ Remarks peut comprendre des informations supplémentaires, référencées à leur source originale par l'équipe FishBase ou telles que citées dans Moller (1995). Mago-Leccia (1994) est une autre source récente.
Remarks : Champ textuel pour des remarques supplémentaires sur l'habitat, le comportement, la nourriture, la reproduction, l'électrobiologie ou d'autres informations sur l'espèce.
Cliquer sur un des boutons de la vue SPECIES permet facilement d'afficher d'autres informations sur la famille (Family) et le genre (Genus) de l'espèce, les noms communs utilisés (Common Names used), son aire de répartition (Range) et les pays où elle est présente, d'autres informations quant à sa biologie (Biology), les sources de données (References) utilisées et les collaborateurs (Collaborators) qui ont entré ou fourni les informations. Veuillez vous reporter aux chapitres correspondants pour des discussions spécifiques aux différentes tables.
Comment y arriver
Cliquer sur le bouton Species dans la fenêtre MAIN MENU puis chercher une espèce par le nom scientifique, le nom commun, la famille, le pays, par un sujet ou par une identification rapide. La liste des espèces possibles est renvoyée, et en double-cliquant sur un nom scientifique, la vue SPECIES de cette espèce particulière est affichée.
Remerciements
Nous remercions Madame Susan M. Luna de l'équipe FishBase, pour ses contributions antérieures à la table SPECIES et à ce chapitre.
Références
Carpenter, K.E. et G.R. Allen. 1989. FAO species catalogue. Vol. 9. Emperor fishes and large-eye breams of the world (family Lethrinidae). An annotated and illustrated catalogue of lethrinid species known to date. FAO Fisheries Synopsis 125(9). 118 p. FAO, Rome.
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Rainer Froese, Emily Capuli, Cristina Garilao et Daniel Pauly
Présenter les noms communs (ou vernaculaires) comme un des attributs les plus importants des poissons est un euphémisme. En fait, les noms communs sont tout ce que la plupart des gens savent des poissons qu'ils ‹ connaissent ›.
FishBase ne serait donc pas complete sans les noms communs. Cette considération tôt intégrée dans la structure de FishBase (Froese 1990) a conduit à la compilation de plus de 89 000 noms communs, probablement la plus vaste de son genre. Cependant, il nous a fallu du temps pour réaliser que c'est chaque couple ‹ pays › + ‹ langue › qui définissait une culture unique, et non l'un d'eux seul. Une grande partie des connaissances sur les poissons des gens d'une même culture (le ‹ savoir traditionnel ›) ne pouvait donc être entrée dans la table COMMON NAMES qu'en association avec ces couples.
Langues
Les langues de la table COMMON NAMES ont des caractéristiques différentes. Certaines, telles que l'anglais, le français, l'espagnol ou le portugais sont largement répandues et disposent de noms pour de nombreux poissons présents dans des pays autres que ceux où ces langues sont parlées. D'autres langues ne sont parlées que dans un seul pays, voire une seule région ou localité. En général, ces langues disposent de noms seulement pour les espèces qui sont présentes dans la région où ces langues sont parlées. Les utilisateurs de FishBase doivent être conscients de cette distinction quant à l'évaluation de notre traitement des noms communs (voir Fig. 6).
Fig. 6. Vue générale de la couverture des noms communs par FishBase, en pourcentage de quatre groupes de langues majeures ; noter que FishBase comprend aussi des noms communs (plus de 9 700 noms) pour d'autres groupes de langues.
La structure de la table COMMON NAMES permet aussi d'enregistrer les noms des cultures anciennes (si les sources autorisent l'attribution à une espèce sans équivoque). Nous utiliserons cette possibilité pour entrer dans le futur des noms de l'Egypte Ancienne (Brewer et Freeman 1989), de la Grèce (Thompson 1947), de Rome (Cotte 1944), de l'Allemagne Médiévale (Bingen 1286) et autres.
Les sources importantes considérées dans FishBase sont : l'AFS, qui fait référence aux noms anglais sélectionnés par l'American Fisheries Society (Robins et al. 1991a, 1991b), et la FAO qui fait référence aux suggestions de la FAO pour la standardisation des noms communs, au niveau global, en anglais, espagnol et français. Pour aider à une telle standardisation, l'équipe FishBase a sélectionné un nom anglais unique par espèce pour la table SPECIES selon la procédure suivante : le nom FAO s'il existe, sinon le nom AFS s'il existe, sinon un autre nom anglais existant selon les critères utilisés par Robins et al. (1991a). La sélection des noms uniques anglais potentiellement stables sera poursuivie et complétée pour tous les poissons du monde en collaboration avec nos collègues de la FAO, l'AFS et autres.
L'usage le plus évident de la table COMMON NAMES est de retrouver le nom scientifique d'un poisson à partir de sa dénomination vernaculaire. Les noms communs non-standardisés peuvent bien sûr correspondre à plus d'une espèce. D'autres usages moins évidents sont :
Sources
Les informations contenues dans la table COMMON NAMES ont été extraites de plus de 860 références, par exemple, Herre et Umali (1948), Banarescu et al. (1971), Fischer et al. (1990), Grabda et Heese (1991), Myers (1991), Robins et al. (1991a et 1991b), Fouda et Hermosa (1993), et Mohsin et al. (1993).
Statut
La vérification des noms communs dans la version présente de FishBase a été faite en comparant des noms de plusieurs sources. Ainsi, Negedly (1990) a été utilisé pour vérifier plus de 10 000 noms FAO, et Robins et al. (1991b) pour vérifier plus de 4 000 noms AFS. Les autres noms ont été vérifiés visuellement pour des langues maîtrisées par l'équipe FishBase (anglais, allemand, français et plusieurs langues des Philippines). Plus de 33 000 noms communs anglais et français ont également été vérifiés à l'aide d'un correcteur orthographique automatique. Les noms dans les autres langues seront vérifiés au fur et à mesure en envoyant des listes à d'autres experts de la langue et du pays. Plus de 2 000 entrées antérieures sans référence, langue ou localité associées ont été effacées de la table COMMON NAMES et sauvegardées dans un autre fichier en format texte en attendant un complément d'information.
Vous pouvez générer des listes de noms communs et de savoir traditionnel par espèce ou par langue dans la section Reports accessible à partir de la fenêtre MAIN MENU. Une procédure identique existe dans le module User Databases pour les bases de données utilisateur traitant de noms locaux (voir ‹ La base de données savoir traditionnel ›, ce volume).
L'analyse de compilations importantes, par exemple Sanches (1989) pour le portugais, constituera la principale voie d'extension du nombre de noms communs traités, mais des listes plus courtes résultant d'études ethnozoologiques dans les zones Amérique, Afrique et Asie-Pacifique seront aussi exploitées. Les collègues qui s'intéressent aux noms communs et au savoir traditionnel sont cordialement invités à nous rejoindre dans cet effort.
Les champs
Les champs de la table COMMON NAMES sont présentés en détail ci-dessous, notamment les champs à choix multiples :
Name : Champ textuel qui indique le nom vernaculaire ou commun d'une espèce utilisé dans une culture donnée.
Life Stage : Indique la phase de vie pour laquelle le nom commun est utilisé parmi les choix suivants : oeufs ; larve ; juvéniles ; juvéniles et adultes (par défaut) ; adultes ; grands adultes ; produit. Le dernier se rapporte au nom d'un produit tiré du poisson quand il existe un nom différent attribué au spécimen frais. Comme il peut faire référence à un produit d'intérêt économique, FishBase traite aussi bien des noms utilisés dans l'industrie de la pêche que ceux mis en évidence par l'ethno-ichtyologie des sociétés à commerce développé.
Sex : Indique le sexe du poisson auquel le nom commun fait référence parmi les choix suivants : femelles et mâles (par défaut) ; femelles ; femelles en période de ponte ; mâles ; mâles en période de reproduction. Des noms différents sont souvent attribués aux divers stades reproductifs des femelles et des mâles, quelquefois en relation avec des rituels religieux.
Language : Champ à choix multiple qui indique la langue dans lequel le nom commun est utilisé. Plus de 160 langues sont listées par ordre alphabétique de l'arabe au wolof (voir Fig. 6 pour des exemples). Ce champ est lié à l'enregistrement correspondant dans la table LANGUAGE qui contient des informations sur la taxinomie de la langue (Language Family (famille de la langue), Language Branch (branche de la langue) et Language group (groupe de la langue)), et le(s) pays où la langue est dominante. Double-cliquer sur le nom de la langue affiche les données supplémentaires qui ont été extraites de Ruhlen (1991) et Grimes (1992) et qui complètent la table LANGUAGE.
Type : Champ à choix multiple qui indique dans quel domaine le nom est utilisé. Les choix possibles sont : langue vernaculaire ; marketing ; aquarium ; produit ; FAO ; et AFS. FishBase 99 inclut tous les noms commerciaux Australiens (Yearsley et al. 1997). Nous projetons aussi d'inclure les noms commerciaux officiels américains et européens assignés explicitement à des espèces.
Etymology : Trois champs à choix multiple qualifient chacun des mots qui constituent les noms, qui sont décomposés en un vocable principal et deux modificateurs, s'ils existent (par exemple dans ‹ thon rouge du nord ›, ‹ thon › est le vocable principal, ‹ rouge › et ‹ du nord › les modificateurs). Les catégories indiquées dans ces trois champs sont adaptées de Foale (1998). Pour le vocable principal : lexème fondamental ; morphologie ; patron de coloration ; comportement ; habitat ou écologie ; goût ou odeur ; personne (générique) ; personne (éponyme) ; animal non-poisson ; autre animal ; plante ; objet ; affinité ; localité/région ; autre/non-applicable.
Pour les modificateurs : lexème fondamental ; morphologie ; patron de coloration ; comportement ; habitat ou écologie ; goût ou odeur ; personne (générique) ; personne (éponyme) ; autre poisson ; animal non-poisson ; plante ; objet ; affinité ; localité/région ; attribut de taille ; attribut d'abondance ; attribut d'affinité ; autre/non-applicable.
Plusieurs catégories autres que ‹ patron de coloration › peuvent également évoquer indirectement la coloration des poissons, comme ‹ personne (générique) ›, ‹ animal non-poisson ›, etc. Le ‹ poisson chirurgien bagnard › est ainsi nommé à cause de ses rayures sur les flancs, le ‹ requin léopard › à cause de ses taches. Cette caractéristique doit être prise en compte dans l'analyse quantitative des termes liés à la couleur.
Cette approche nouvellement développée pour traiter l'étymologie des noms de poisson a été testée jusque là uniquement sur des noms communs anglais de Blennidae, et de quelques autres groupes. Nous nous attendons à ce qu'elle soit légèrement modifiée au fur et à mesure que plus de groupes seront testés, et vos suggestions sur ce sujet sont les bienvenues.
Remarks : Champ mémo détaillant des informations supplémentaires sur l'étymologie d'un nom commun ou pour sa compréhension (par exemple le nom Lapu-lapu, un nom tagalog pour un mérou (et dans d'autres langues des Philippines), est le nom du héros philippin qui a tué Magellan le 16 mars 1521. Peu d'entrées existent actuellement, et nous cherchons des collègues pour nous aider à compléter ce type d'information à l'aide des champs décrits ci-dessus.
Comment y arriver
Cliquer sur le bouton Common names dans la vue SPECIES ou double-cliquer le nom commun dans toutes les vues à l'écran pour afficher la vue COMMON NAMES.
Remerciements
Nos remerciements vont à feu M. Warren qui nous a aidé à réaliser que FishBase pouvait aussi être utilisée à des fins ethno-ichtyologiques et à M.T. Cruz pour la saisie des noms communs. Nous remercions également V. Christensen et A.J.T. Dalsgaard qui ont vérifié les noms danois, le Professeur J. Moreau et C. Lhomme-Binudin qui ont vérifié les noms français, S. Kuosmanen-Postila qui a vérifié les noms finnois, A.C. Gücü qui a vérifié les noms turcs, et R. Froese qui a vérifié les noms allemands. Nos remerciements vont aussi à F. Birket, E. Cadima, K. Carpenter, L. Eldredge, M. Entsua-Mensah, U. Hilborn, E. Hunn, E. Kaunda, K. Ruddle, P. Spliethoff, M.H. Teullières-Preston, R. Uwate et Y. Yamada pour les listes de noms qu'ils nous ont procurées gracieusement, même si nous ne les avons pas encore toutes entrées.
Références
Banarescu , P., M. Blanc, J.-L. Gaudet, P. et J.-C. Hureau. 1971. European inland water fish. A multilingual catalogue. Fishing News Books Ltd., London, 178 p.
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Yearsley, G.K., P.R. Last et G.B. Morris. 1997. Codes for Australian Aquatic Biota (CAAB) : an upgraded and expanded species coding system for Australian fisheries databases. CSIRO Marine Laboratories, Report 224. CSIRO, Australia.
Maria Lourdes D. Palomares et Daniel Pauly
Quand nous avons développé le concept FishBase en 1988, nous pensions que la taxinomie des poissons était suffisamment avancée et que la plupart des noms utilisés dans la littérature seraient corrects, le reste pouvant être traité par des synonymies. Bien que ces suppositions étaient en grande partie vraies, nous avons terriblement sous-estimé les difficultés restantes telles que les incohérences dans les publications récentes, la nécessité de conserver la trace de tous les travaux taxinomiques et les comprendre complètement, ainsi que le travail de détective parfois nécessaire pour assigner une information à l'espèce biologique correcte.
Les synonymies sont difficiles à lire. Ce fait est en grande partie ignoré par les non-taxinomistes qui ont tendance à croire que tout nom inscrit dans une synonymie est un pseudonyme pour l'espèce en question. Et malheureusement, les conventions d'écriture taxinomiques encouragent cette façon de les percevoir. Elles ne forcent pas les auteurs à expliciter les citations des noms, notamment celles pour lesquelles la supposition précitée est fausse, par exemple quand le nom inscrit est un nom valide ou un synonyme d'une autre espèce biologique, mais qu'il paraît là seulement parce que quelqu'un a une fois confondu les deux espèces (voir aussi, ‹ Le rôle de la taxinomie ›, ce volume). Quelques collègues sauront que ces cas devraient être indiqués avec une mention telle que « (non Lacepède) » suivant le nom de l'espèce. Ils peuvent ne pas être informés que, selon le contexte, une virgule, deux-points ou un point-virgule qui suit l'espèce nommée peut signaler des erreurs d'identification, c'est-à-dire des noms qui ne sont pas des pseudonymes pour le nom courant.
Souvent inoffensive, l'erreur la plus commune dans la lecture des synonymies consiste à confondre un auteur original (tel que dans Scopelus dumerilii Bleeker 1856) et un utilisateur subséquent du nom qui, par exemple, l'a assigné à un genre différent (tel que dans Diaphus dumerili Fowler 1928).
C'est seulement en qualifiant nos ‹ synonymes › par le champ Status que nous avons réalisé nos propres erreurs en lisant les synonymies : combinaision originale Scopelus dumerilii Bleeker 1856 ; nouvelle combinaison Diaphus dumerilii (Bleeker 1856) ; erreur d'orthographe Diaphus dumerili (Bleeker 1856) ; synonyme plus récent Myctophum nocturnum Poey 1861 de D. dumerilii ; erreur d'identification Diaphus effulgens (non Goode & Bean 1896) de D. adenomus ; contestable (nécessite une recherche supplémentaire) ; autre (voir le champ Comment).
Statut
Nous avons réalisé plusieurs vérifications de cohérence pour identifier les enregistrements éventuellement erronés, tels que : lister tous les synonymes qui correspondent à des noms valides de la table SPECIES et qui ne sont pas classés comme des erreurs d'identification ; lister tous les synonymes qui sont associés à plus d'une espèce valide ; lister tous les synonymes les plus récents associés à la même espèce valide ; lister toutes les combinaisons originales ou nouvelles combinaisons avec un auteur différent de l'auteur du nom valide ; lister tous les synonymes avec les caractères ‹ non ›, ‹ not ›, ou ‹ nec › soit dans le champ author soit dans le champ comment, et qui ne sont pas qualifiés d'erreurs d'identification ; etc. Dans FishBase 99, nous avons aussi comparé toutes les combinaisons originales et la plupart des synonymes les plus récents avec le Catalog of Fishes d'Eschmeyer (1998). Nous pensons que grâce à ces vérifications, nous avons repéré et corrigé la plupart des erreurs.
Les changements nomenclaturaux
Les noms scientifiques sont plus que de simples étiquettes, car ils révèlent également notre compréhension actuelle de l'évolution des poissons. Ainsi, toutes les espèces placées dans un genre particulier sont supposées avoir un ancêtre commun, et aucune descendance de cet ancêtre ne doit être classée dans un autre genre (le genre doit être monophylétique). Le même principe est vrai pour les taxons des niveaux supérieurs, famille, ordre et classe, à la différence près que les ancêtres communs des niveaux plus élevés sont plus anciens.
Les noms scientifiques subissent des changements au fur et à mesure que le travail taxinomique progresse et clarifie les relations de parenté entre espèces. Selon une estimation grossière, environ 10 % des noms de poissons utilisés dans un travail donné seront obsolètes dans les 10 ans suivants (Froese 1996, 1997). La façon dont les noms scientifiques et les références sont associés dans FishBase permet de suivre ces modifications et d'imprimer une liste des changements nomenclaturaux pour des travaux taxinomiques importants.
Sources
La table SYNONYMS contient plus de 30 000 synonymes, erreurs d'orthographe ou erreurs d'identification et plus de 20 000 noms valides. Les informations sont extraites de près de 3 000 références telles que les catalogues d'espèces de la FAO, des catalogues régionaux tels que le CLOFFA et le CLOFETA, et des révisions de familles telles que Pietsch et Grobecker (1987).
| Encadré 6. Chronologie de la
description des espèces. Pour les zoologistes, la
taxinomie scientifique a commencé en 1758 avec la
publication de la dixième édition du Systema Naturae
par C. Linnaeus. La figure 7 présente le nombre
d'espèces de poisson décrites depuis cette date par
périodes de 5 ans. La période de décroissance 1880-1890 est
intéressante à noter : elle est sans doute causée
par le fait que Cuvier, Valenciennes et Günther avaient
décrit la plupart des spécimens disponibles dans les
collections (Tyson Roberts, Acad. Sci. Calif. ;
comm. pers.). La courbe montre aussi l'impact
dévastateur de la première guerre mondiale (1914-1918),
et surtout de la deuxième (1939-1945), les descriptions
d'espèces retombant au même niveau que dans les
dernières années du 18ème siècle. Bloch, M.E. 1785. Naturgeschichte der ausländischen
Fische. Berlin, Vol. 1. 136 p. |
Les champs
La table donne le nom (Name) synonyme, la référence (Reference) et la page (Page) où un auteur (Author) statue que le nom est un synonyme, le statut (Status, des commentaires Comment, et une liste des références citées qui ont utilisé le nom invalide (References that have used the invalid name).
Fig. 7. Nombre de descriptions d'espèces par périodes de 5 ans d'après les données de FishBase. Voir Encadré 6 pour une interprétation de ce graphique.
Comment y arriver
Cliquer sur le bouton Synonyms de la vue SPECIES pour afficher la vue SYNONYMS. Cliquer le bouton References de la fenêtre MAIN MENU pour accéder à la procédure Nomenclatural changes. Vous pouvez également afficher les vues SPECIES, GENERA et REFERENCE d'Eschmeyer à partir de la fenêtre MAIN MENU.
Remerciements
Nous remercions Kent Carpenter pour nous avoir suggéré de classer les synonymes selon le système ci-dessus. Nous remercions Susan M. Luna pour ses contributions à une version antérieure de la table SYNONYMS. Nous saluons W.N. Eschmeyer pour avoir éclairci les problèmes mentionnés précités dans son Catalog of Fishes (Eschmeyer 1998). Nous félicitons aussi Theodore W. Pietsch et David B. Grobecker pour leur excellente monographie sur les poissons grenouilles, ( Frogfishes of the world ; 1987 ), qui nous a aidés à comprendre les synonymies.
Références
Eschmeyer, W.N., Éditeur. 1998. Catalog of fishes. Special Publication, California Academy of Sciences, San Francisco. 3 tomes. 2905 p.
Froese, R. 1996. A computerized procedure for identifying misspellings and synonyms in checklists of fishes, p. 219. In D. Pauly et P. Martosubroto (éds.) Baseline studies of biodiversity : the fish resources of western Indonesia. ICLARM Stud. Rev. 23.
Froese, R. 1997. An algorithm for identifying misspellings and synonyms of scientific names of fishes. Cybium 21(3) : 265-280.
Pietsch, T.W. et D.B. Grobecker. 1987. Frogfishes of the world. Stanford University Press, Stanford. 420 p.
Rainer Froese et Emily Capuli